Jabłka po zebraniu można przechowywać przez długi czas, jeżeli zapewnimy im odpowiednie warunki można przechowywać je nawet przez rok.
Przechowywanie w kontrolowanej atmosferze spowalnia ich oddychanie, co spowalnia ich dojrzewanie. Przechowywanie w kontrolowanej atmosferze sprawia, że pomieszczenie idealnie nadaje się na zimowanie w chłodni. Jabłka muszą być suche, aby dobrze przechowywać. W temperaturze pokojowej jabłka zostaną świeże przez około 5-7 dni. Zaczynają tracić smak i świeżość, albo skurczą się, dlatego warto umieścić je w specjalistycznych chłodniach.
Hodowcy owoców muszą stworzyć określone środowisko, jeśli chcą, aby przetrwały w chłodni przez 6 miesięcy lub dłużej. Wymaga to zarówno wysokiej wilgotności, jak i stałej temperatury około 10 stopni Celsjusza. Przechowywanie w niskiej temperaturze i kontrolowana wilgotność pozwolą przechowywać jabłka przez całą zimę. Niektóre odmiany nadają się lepiej do długotrwałego przechowywania niż inne.
Jabłka można także przechowywać w plastikowych torbach, dzięki czemu lepiej będziemy mogli kontrolować ich wilgotność. Jednak przemysłowe chłodnie będą miały skomplikowane systemy kontroli temperatury i wilgotności oraz kontrolę atmosfery, w której niepożądany nadmiar niektórych gazów zostanie usunięty.
Przeprowadzono wiele badań na ten temat, a dla każdej odmiany jabłek określono dokładne temperatury i warunki przechowywania. Dzięki temu można szybko określić które odmiany będą nadawały się do przechowywania lepiej. Chłodnia powinna być właściwie przygotowana. Najlepsze będą posiadały systemy automatycznej kontroli i dostosowywania temperatury. Dobrym pomysłem będzie także automatyczne mierzenie wilgotności. Oczywiście chłodnie mogą być podzielone na różne pomieszczenia. Jeżeli hodujemy różnego rodzaju warzywa i owoce będzie to bardzo dobry pomysł. Trzeba bowiem pamiętać iż w zależności od rodzaju owoców będziemy potrzebowali innej temperatury. Zatem jeżeli nie wiemy jak przechowywać jabłka, powinniśmy sprawdzić jaką odmianę będziemy chłodzili.